1. Universitas Gadjah Mada (UGM) Peringkat nasional: 2 Peringkat Asia: 122
2. Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) Peringkat nasional: 16 Peringkat Asia: 522
3. Universitas Islam Indonesia (UII) Peringkat nasional: 25 Peringkat Asia: 652
4. Universitas Islam Negeri (UIN) Yogyakarta Peringkat nasional: 28 Peringkat Asia: 700
5. Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY) Peringkat nasional: 33 Peringkat Asia: 783
6. Universitas Ahmad Dahlan (UAD) Peringkat nasional: 36 Peringkat Asia: 834
7. Universitas Atma Jaya Peringkat nasional: 49 Peringkat Asia: 980
8. Institut Seni Indonesia (ISI) Peringkat nasional: 57 Peringkat Asia: 1216
9. Universitas AMIKOM Yogyakarta Peringkat nasional: 68 Peringkat Asia: 1417
10. Universitas Pembangunan Nasional (UPN) Veteran Yogyakarta Peringkat nasional: 85 Peringkat Asia: 1766
11. Universitas Sanata Dharma (USD) Peringkat nasional: 87 Peringkat Asia: 1886
12. Universitas Kristen Duta Wacana (UKDW) Peringkat nasional: 96 Peringkat Asia: 2116. (***)